黑龙江省社会科学院的前身是1960年建立的中国科学院黑龙江分院哲学社会科学学部和1964年成立的省哲学社会科学研究所。1979年，省委批准组建黑龙江省社会科学院。2018年，省政府发展研究中心、省民族研究所并入，组建新的黑龙江省社会科学院（省政府发展研究中心）。
黑龙江省社会科学院设有历史研究所、政治学研究所、经济研究所、哲学研究所、社会学研究所、文学研究所、文化和旅游研究所、农业和农村发展研究所、俄罗斯研究所、东北亚研究所、犹太研究所、法学研究所、地方发展环境研究所、边疆发展研究所、工业经济研究所、马克思主义研究所、民族研究所等17个研究所。
全院现有职工349人，其中专业技术人员180人（正高职36人，副高职57人，高级职称占专业技术人员的51.7%）。拥有东北史、社会学、俄罗斯经济、俄国史、科学社会主义、农村经济学、政治学理论、东北地方文化史、工业经济学、亚太经济、中俄关系史、渤海国史、哈尔滨犹太人历史文化、区域经济学、黑龙江流域文明、旅游经济学、行政学、城市社会学、民族问题理论、发展经济学等20个省级领军人才梯队。60余人次荣获国家、省级各类专家称号。
建院以来，各类科研成果累计1.7万余项，其中专、编、译著770余部，承担国家级和省级重要课题450余项，500余项成果获省部级以上奖励。着力打造龙江学派，形成了俄罗斯、东北亚问题研究的传统优势；突出地域文化，扩大了在黑龙江流域文明、渤海国史、地方史研究领域的学术影响；提升特色研究，保持了犹太人研究领域的学术地位。实施黑龙江历史文化研究工程，打造“龙字号”学术品牌，累计完成著作78部（册），推出一批填补省内、国内空白的力作。
黑龙江省社会科学院是中国社会科学院国情调研基地，是社会科学文献出版社学术资源建设基地，依托市地社科联（社科院）在全省设有13个分院。拥有东北亚战略研究院、黑龙江社会发展与地方治理研究院、中俄区域合作战略研究院3个省级重点培育智库和黑龙江振兴发展研究院、黑龙江历史文化研究院、公共政策与决策咨询研究院3个院级专业智库。牵头成立东北亚智库联盟、东北三省一区智库联盟等智库协同创新平台，与10余个国家20余所大学和研究机构建立了交流合作关系。出版《黑龙江社会发展报告》《黑龙江经济发展报告》《中国—俄罗斯经济合作发展报告（中俄文版）》《黑龙江地方治理发展报告》《黑龙江文学发展报告》《中国东北地区发展报告》等系列年度皮书报告。创办东北亚数据库、黑龙江农业数据库等专业数据库和《要报》《信息专报》《要情专报》《决策咨询》等智库成果载体。近年来，黑龙江省社会科学院连续举办中俄经济合作高层智库论坛、龙江振兴发展论坛等高规格、高水平的学术研讨会，培育了具有国际影响的学术交流品牌。
黑龙江省社会科学院是具有硕士学位授予点的5家地方社科院之一，研究生学院有6个一级学科硕士点，以及社会工作和公共管理2个专业硕士点，世界史、政治学、社会学3个学科入选省哲学社会科学学科体系创新支持计划。与省委宣传部共建马克思主义学院。
全院办有5种公开发行期刊：《学习与探索》《黑龙江社会科学》《黑龙江民族丛刊》《西伯利亚研究》《中国—东北亚国家年鉴》，其中《学习与探索》是我省唯一入全国百强的学术核心期刊。
按照黑龙江省“十三五”规划、省委《关于加强黑龙江新型智库建设的实施意见》和《省深化文化体制改革重点任务》要求，黑龙江省社会科学院作为全省“哲学社会科学创新工程”唯一试点单位、新型智库建设三家试点单位之一、全省事业单位绩效改革试点单位，于2017年正式启动实施了“创新工程”，制定《创新工程总体实施方案》及21项改革配套制度，继中国社会科学院和上海社会科学院、山东社会科学院之后，在全国较早启动“创新工程”，走在了地方社科院改革创新的前列。
进入新时代，全院上下正以新的精神状态和奋斗姿态，深入贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，以“建设全国一流地方社科院”为目标，努力建设社会主义意识形态的重要阵地、全省哲学社会科学的学术高地、服务龙江全面振兴的新型智库、培育时代新人的人才基地，为现代化新龙江建设和黑龙江省全面振兴全方位振兴贡献智慧和力量！